TUGAS TI (APLIKASI ISOLASI DNA CYPRINIDAE (Cyprinus carpio) DENGAN PCR-RFLP)

BIOINFORMATIKA

Merupakan ilmu terapan yang lahir dari perkembangan teknologi informasi dibidang molekuler. Bioinformatika tidak terlepas dari perkembangan biologi molekuler modern. Slah satu contoh penerapannya adalah Isolasi Asam Deoksi Nukleat (DNA) Cyprinidae (Cyprinus carpio) Dengan PCR-RFLP. 

Mengapa Bioiformatika di hubungkan dalam APLIKASI ISOLASI DNA CYPRINIDAE (Cyprinus carpio) DENGAN PCR-RFLP dalam Akuakultur  ???

Karena di dalam akuakultur kita  harus mengetahui informasi tentang karakter –karakter genetika untuk meningkatan laju pertumbuhan, ketahanan terhadap penyakit atau mengetahui ikan yang unggul yang nantinya akan kita budidayakan untuk meningkatkan hasil.

 
APLIKASI ISOLASI DNA

CYPRINIDAE (Cyprinus carpio) DENGAN PCR-RFLP

Dalam Isolasi DNA dalam bidang budidaya perairan proses-proses isolasi beserta hasilnya dapat dilihat pada jurnal KLIK DISINI

Ringkasan jurnal

Ikan Mas (Cyprinus carpio) merupakan spesies penting untuk budidaya ikan air tawar yang dikembangkan di Indonesia. Di Indonesia jenis ikan ini dibudidayakan seara massal guna mencukupi kebutuhan proein masyarakat, yang juga merupakan salah satu pengembangan budidaya air tawar. Cyprinidae atau yang di sebut dengan Cyprinus carpio merupakan salah satu jenis ikan air tawar yang sangat melimpah di berbagai negara serta memiliki taxa endemik dari pada ikan lainnya. Tingginya tingkat endemik memunginkan adanya degradasi habitat oleh adanya regulasi dari tempat hidupnya, ekstraksi pasir, dan adanya penyakit. Adanya tingkat degredasi terhadap kualitas budidaya dan lingkungan dapat mengakibatkan perubahan kualitas genetik ikan Mas (C.carpio). Salah satu cara un tuk melihat kuaitas genetik adalah dengan menggunakan analisa DNA dengan menggunakan teknik PCR- RELF yang tujuannya untuk mengisolasi fragmen DNA untuk memberikan informasi tentang karakter DNA organ yang diisolasi  yaitu dari jantung, hepar. dan darah.

Metode penelitian DNA C.carpio

Sampel Ikan C.carpio

Sampel ikan mas di ambil secara random yaitu 1 ekor, kemudian dilakukan pempedahan organ dalah dan diambil jantung, darah, hepar yang selanjutnya organ tersebut digerus hingga halus dan isolat yang di peroleh akan di gunakan untuk isolasi dan ekstraksi DNA.

Ekstraksi DNA dan Amplifikasi PCR

Total genomic DNA di ekstraksi menggunakan metode standart digestion dengan SDS dan proteinase K, menggunakan phenol/ chloroform. Fragmen DNA hasil amplifikasi dapat menggambarkan profil DNA ikan C.carpio .

Analisa RFLP

RFLP merupakan metode yang di gunakan untuk mengidentifikasi karakter polimorfik (dasar perubahan) yattu mendefinisikan lineage DNA untuk analisis phiogenetiknya serta identifikasi dengan enzim restriksi untuk menandai bagian polimorfisnya.

Hasil Penelitian

Analisis DNA

Hasil isolasi DNA organ ikan mas dengan metode phenol  tampak yang terdegradasi yaitu (M ;Marker DNA, A;Hati, B;Jantug, C;Darah, D;Darah).

Analisa RFLP

Hasil amplifikasi DNA genom C.carpio memliki panjang pita DNA 12 kb, dan restriksi dengan enzim restriksi EcoRI panjang pita DNA sebesar 4 kb. Enzim retriksi EcoRI dapat memotong bagian DNA genom C.carpio pada organ jantung, hati, dan darah. Tetapi pita hasil pemotongan bersifat monorfik karena DNA yang di potong berasal dari individu yang sama. Selain profil genetik ikan di ketahui, manfaat lain adalah dpat diketahui karakter DNA pada saat ikan terinfeksi bakteri.

Pembahasan

Populasi suatu spesies, dapat dilihat dari genetiknya salah satunya dengan analisa DNA dari DNA organ atau pun DNA mitokondria. Dari hasil identifikasi diatas terjadi suatu pemotongan DNA pada sampel uji yang dilakukan sebanyak 8 kb setelah DNA didigestion dengan enzim restriksi EcoRI.

Simpulan

Berdasarkan keterangan- keterangan diatas dapat disimpulkan bahwa dengan menggunakan metode PR-RFLP dapat digunakan untuk mengetahui fragmentasi DNA ikan C.carpio pada masing- masing organ jantung, jantung dan darah.